За користење на услугите на Централниот регистар е потребен кориснички профил преку кој се врши потврдување на идентитетот на корисникот, давање на овластување – право за користење на определени системи и се овозможува пристап до нив. Сите лични податоци (вклучувајќи го и ЕМБГ) кои се задолжителни при креирањето на корисничкиот профил се користат од Централниот регистар исклучиво за идентификација на корисникот и давање на право за пристап до соодветен систем, со цел користење на услуги определени со закон, договор или друг начин. Обработката на податоците во системите на Централниот регистар се врши согласно закони и други акти, при што посебно внимание се посветува на заштитата на личните податоци регулирана во Законот за заштита на личните податоци и други подзаконски и интерни акти. Повеќе информации за заштитата на личните податоци при нивната обработка во Централниот регистар може да се добијат во Политиката за приватност, Упатството Систем за централизирано најавување на корисници или преку следната контакт форма.